O seu filho, que à sua morte se tornou João VI (1816-26), governou em seu nome e em 1799 tornou-se príncipe regente. Em 1793 Portugal juntou-se à Inglaterra e Espanha contra França, mandando uma divisão naval para assistir à esquadra Inglesa no Mediterrâneo e um exército para a frente catalã. A paz de Basileia (Julho de 1795), na qual a Espanha abandonou os seus aliados, deixou Portugal ainda na guerra.

D. João VI faleceu em Março de 1826 após adoecer por alguns dias. De sua "causa mortis", suspeitou-se ter sido por envenenamento. Recentemente uma equipa de pesquisadores exumou o pote de cerâmica chinesa que continha as suas vísceras e que se encontrava enterrado sob as lajes da capela dos Meninos da Palhavã no mosteiro de São Vicente de Fora.

Pedaços do seu coração foram re-hidratados e submetidos a análises, num estudo dirigido pelo Prof. Doutor Armando Santinho Cunha, o que veio a comprovar a suspeita de envenenamento por arsénico.